TL; DR: Sim, Fury os contratou. Fury queria os dados sem ninguém SABER que ele tinha os dados.

Antes do início do filme, Nick Fury tinha motivos para acreditar que elementos dentro da SHIELD - possivelmente até mesmo o próprio Conselho Mundial - haviam sido comprometidos. Embora ele não tivesse ideia de que a corrupção estava tão disseminada como estava, ele ainda tinha motivos para duvidar se alguém era confiável ou não, até mesmo agentes de nível superior como Natasha. Não temos ideia de quais evidências ele encontrou que causaram essa suspeita, mas é possível que ele só confiasse em duas pessoas naquele momento - Maria Hill e Phil Coulson. Mesmo assim, ele manteve as coisas tão compartimentadas quanto possível:

Mesmo confiando totalmente em Coulson, Fury não revelou sua falsa morte a Phil até depois dos eventos do filme. Ele, no entanto, autorizou o Agente Koenig a revelar essa informação quando o tempo fosse garantido. A natureza exata dos "irmãos" Koenig ainda é desconhecida, então eles podem não se qualificar como pessoas reais (a evidência atual indica que eles podem ser chamarizes de modelo de vida (LMD), também conhecidos como andróides.

É também é importante lembrar que Nick Fury é um filho da puta furtivo, mesmo em condições normais. Para citar Tony Stark, "ele é O espião. Seus segredos têm segredos". Quando ele suspeita que algo está acontecendo, ele fica super- sorrateiro. Ele queria que os dados fossem transportados pela Estrela Lemuriana , mas queria fazer isso de uma forma que ninguém dentro da SHIELD soubesse que ele tinha os dados. as suspeitas acabaram sendo justificadas, pois

Agente Sitwell, o agente encarregado da operação da Estrela da Lemúria, acabou por ser uma toupeira para HYDRA. Qualquer solicitação de dados que passasse pelos canais normais certamente teria passado pelo Sitwell.

Para contornar isso, Fury contratou os mercenários para sequestrar o navio e, em seguida, enviou uma equipe para "recuperar" o navio. Enviar Hill ou Coulson teria parecido incomum, então ele estava um tanto limitado em suas opções. Uma equipe liderada por Natasha & Rogers não levantaria suspeitas, e confiar em qualquer um dos dois era um risco calculado. Supondo que Rogers pudesse contestar (novamente garantido), ele ordenou que Natasha recuperasse os dados sem contar a ninguém da equipe sobre seu objetivo. Se isso tivesse ocorrido, Natasha seria a única pessoa que sabia que Fury tinha os dados, algo com que Fury poderia trabalhar. Ela também não parecia saber a natureza dos dados, o que provavelmente é outro motivo pelo qual ele confiou nela a missão de recuperação - ela era conhecida por realizar o trabalho sem fazer perguntas.

EDITAR : Devo acrescentar que, conforme os eventos se desenrolavam, Fury obviamente decidiu que poderia confiar no Capitão América e, por extensão, em Natasha, com o que realmente estava acontecendo.

Havia uma conspiração acontecendo dentro do S.H.I.E.L.D. por caras HYDRA escondidos. E Nick Fury suspeitou disso, graças à sua grande experiência e mente criminosa.

Solicitar dados diretamente não funcionaria porque a equipe comprometida poderia fornecer dados falsificados. Também é possível que Nick Fury não quisesse que seus inimigos soubessem que ele sabia sobre algo secreto. Então, Nick Fury contratou piratas para sequestrar Lemurian Star como um disfarce para obter dados autênticos usando seu próprio agente de confiança.

O Star era uma nave com capacidade para lançar satélites por conta própria. O Project Insight tem sua própria rede dedicada de satélites espiões, espalhados por todo o mundo e fornecendo informações aos portadores do Insight e aos sistemas automatizados de armas neles. Essa rede, eu acho, requer que os satélites estejam em posições geossíncronas específicas em todo o mundo (é por isso que a SHIELD está usando coisas como a estrela em vez de apenas roubar os satélites em qualquer coisa que a NASA esteja lançando).

Embora um tanto confuso, o enredo é composto por todas as sugestões aqui. A Lemurian Star é uma nave configurada para lançar satélites para o Projeto Insight dos "Conselhos Mundiais". Como tal, tem agentes SHIELD e obviamente o agente duplo Hydra Sitwell a bordo. Fury certificando-se de que tudo está em alta (já que não confia em ninguém) tenta descobrir o que está acontecendo e, portanto, tem que montar um cenário para obter as informações contratando piratas e enviando Cap para resgatá-los enquanto Romanoff recupera os dados. Ele só começa a suspeitar que a SHIELD foi comprometida quando descobre que os dados na unidade foram supostamente criptografados por ele, o que não foi. Isso é parte de uma trama complicada do secretário Pierce, que está escondendo a intenção real de Insights do Conselho Mundial. E quem sabe que Nick se recusará a participar, uma vez que ele conhece o real objetivo do Project Insight. Portanto, saber como Nick opera significa incriminá-lo para que ele possa se livrar dele. É o que é chamado em black ops de "operação duplo cego" ou, em termos simples, ser muito inteligente para o seu próprio bem, onde você pensa que está sendo inteligente, mas na verdade está distraído por sua própria inteligência e cai direto em uma armadilha. Uma armadilha armada pelo secretário Pierce e na qual Nick entrou direto. Deve-se acrescentar o quão inteligente o Secretário Pierce é, já que no final ele consegue o que deseja que é a ativação do Project Insight. É claro que toda a confusão poderia ter sido evitada se os editores tivessem simplesmente adicionado uma cena de Fury pedindo a Pierce para atrasar o insight do projeto logo no início do filme, mas isso teria revelado tudo.

Nick Fury contratou os piratas porque os agentes que os piratas capturaram trabalhavam para Hydra e não faziam parte do escudo.