Eu tenho uma teoria sobre isso. Minha teoria é que os Observadores são originalmente do universo alternativo. A razão de não os vermos invadindo o universo alternativo no show é porque invadir seu próprio passado é uma tolice e pode causar todos os tipos de problemas. Veja abaixo uma resposta mais detalhada com raciocínios e até mesmo uma imagem:

Eu acho que os observadores em Fringe que tomam conta do passado na última temporada são todos do universo alternativo.
Algo que realmente me incomodou nos episódios finais é que o universo alternativo parece estar completamente intocado pelos observadores. Talvez eles simplesmente não soubessem sobre o universo? Isso parece implausível. Eles são mestres do tempo e do espaço, com certeza teriam redescoberto o universo alternativo. Mesmo que não o fizessem, eles saberiam a partir dos relatórios da equipe de pesquisa da qual September fazia parte. Eles podem até viajar para lá com aparente facilidade, nós os vemos se teletransportarem para lá da mesma forma que eles se teletransportam através do espaço regular.
Isso me leva a concluir uma coisa. Os observadores são do universo alternativo. Sabemos que são lógicos e calculistas. O observador chefe no futuro não quer alterar seus planos, pois todas as probabilidades estão resolvidas. Eles só farão algo que beneficie sua própria espécie. Se eles voltassem e assumissem o início de sua própria linha do tempo, eles corriam o risco de interromper sua própria criação. Além disso, se eles vivessem em seu próprio passado, isso não pioraria as coisas no futuro (menos recursos, etc.).
Outra coisa a se pensar é por que eles optaram por voltar e assumir 2015? Por que não antes? 2015 é apenas alguns anos após o fechamento da ponte. É possível que seja a última vez que os dois universos teriam alguma interação importante. Se os observadores voltassem antes do fechamento da ponte, eles teriam um efeito em sua própria linha do tempo.
Esta teoria deixa algumas questões no entanto. Primeiro, o que acontece com a humanidade no universo não alternativo e por que os observadores não poderiam assumir lá? É possível que a humanidade do universo não alt seja um grande desafio para os observadores invadirem em 2609. Na linha do tempo em que os observadores estão, os observadores já poderiam ter assumido o universo não alt (eles saberiam o resultado de suas ações instantaneamente, já que estão no futuro).
Em segundo lugar, por que levar Michael para o futuro acaba com o reinado do observador? Acho que talvez ele tenha sido levado para o futuro do universo alternativo (uma vez que o futuro do universo não-alt estaria sob o governo do observador). Donald não explica isso para Walter ou para a turma porque ele não acha que é importante ou não acha que os outros entenderiam (ele conhece física que eles não podem compreender, é plausível que ele não iria querer para sobrecarregar suas mentes com detalhes desnecessários).

Acredito que os observadores não entraram no universo alternativo para assumir o controle porque eram mais avançados tecnologicamente. O universo alternativo teria tido mais facilidade em lutar contra os observadores.

Claramente, qualquer que seja o motivo, foi uma escolha feita pelos observadores, uma vez que podemos ver os observadores entrando no universo alternativo sem dificuldade em 5-13.

Se os observadores fossem do universo alternativo, como enviar o observador infantil e Walter para o futuro (em seu universo) mudaria o plano que ocorreu no final do século 22 (suprimindo a emoção para beneficiar a inteligência)? Para mim, não faz sentido que os observadores sejam de outro universo.

Obviamente, os observadores podem entrar no universo alternativo, como evidenciado por setembro interrompendo a tentativa bem-sucedida de Walternate de encontrar uma cura para Peter, mas geralmente, a interferência dos observadores no universo alternativo parece ser mínima. Além disso, no show, os observadores parecem estar mais envolvidos com viagens no tempo do que com viagens entre universos. Isso é acidental?

Eu realmente não tenho uma teoria sobre por que eles não invadiram o universo alternativo, a não ser talvez eles queiram enfrentar um de cada vez. Um dos observadores afirma que eles escolheram o período de tempo que fizeram porque havia 99,999% de chance de sucesso. Talvez seja simplesmente que este universo neste momento é onde eles concentraram seus esforços com base na probabilidade.

Perto do final da 5ª temporada, a origem dos Observadores ficou clara:

A raça humana reconectou os centros emocionais do cérebro para aumentar a inteligência humana. Este trabalho começou em Oslo, Noruega, em 2167.

Sempre foi bem claro que o outro universo era mais avançado tecnologicamente do que este. Mas eles não são apenas mais avançados, eles também tiveram que lidar com alguns problemas que nosso lado nunca teve. Mais significativamente, os vórtices e a necessidade resultante de torná-los âmbar provavelmente deixaram o universo alternativo mais relutante em abraçar algumas tecnologias. Eu não ficaria surpreso em ver uma cultura de volta ao básico nos anos depois que a ponte foi fechada e os universos foram curados.

Isso é apenas especulação, mas está claro que existem alguns diferenças sociais entre os dois universos, e é difícil dizer o quanto mais eles podem divergir nas décadas entre a série e a criação dos Observadores.

Alternativamente, talvez isso signifique que o outro universo, eventualmente, decaia do dano restante antes que eles pudessem se desenvolver, o que significa que não tem um futuro sustentável para eles.

Eu acredito que os Observadores só invadiram este universo porque este é o universo que evoluiu para criá-los no futuro deste universo. Portanto, para que eles tenham um ambiente de origem que atenda às suas necessidades particulares e específicas, eles precisariam invadir o universo, que eventualmente se autogestaria. Uma vez que eles conhecem e vivem neste universo no futuro, eles já sabem que este é o ambiente correto para eles. Eu também acho que é impossível que eles pudessem ser do universo alternativo porque quando Walter, Peter e Olivia acordaram depois de estarem no Amber todos aqueles anos, era em seu próprio universo que estava sendo invadido, quando se encontraram com sua filha e tal. Portanto, uma vez que estava acontecendo em seu próprio universo, duvido muito que fosse a alternativa de onde os Observadores eram. Isso são apenas suposições, é claro!